La preocupación del mundo actual es guardar las áreas naturales, libre de contaminación el Perú tiene diferentes Parques Nacionales, Reservas y Santuarios Históricos territorios estrictamente conservados y protegidos que alcanzan aproximadamente 5'833,648. (58336 Km²; 22524 mile²) representando 4.54% del territorio nacional aproximadamente. Dentro de la región de Inca está el Santuario Nacional Histórico de Machupicchu y el Manu que todo juntos tienen 1'913,792. (19137 Km²; 7389 millas²) representando el 11% del territorio regional. El Manu es un Parque Nacional establecido en 1973, por medio de Ley 0644-73-AG, con el objetivo de conservar el patrimonio natural y cultural para el beneficio presente y futuras generaciones.
Ese mismo objetivo ha determinado el reconocimiento por la UNESCO de la Biosfera del Manu que hoy se extiende encima de un territorio de 1'881,200. (18812 Km²; 7263 mile²) en las provincias de Paucartambo del Cusco y en Madre de Dios;
Para llegar al Parque Nacional del Manu por el camino, es necesario partir del Cusco y seguir el camino que atraviesa Huancarane, Paucartambo, Pilcopata, Atalaya y Salvación dónde se encuentra la oficina de administración del Parque, y continúa a través de Burgos y finalmente hasta Shintuya. En Atalaya o Shintuya hay barcos para rentar por una jornada de todo el día siguiendo el río de Madre del Dios, atravesando los pagos humanos de Ithahuania, Cruz de Mayo y Diamante Puerto Definitivo, hasta llegar a Boca Manu que es el Manu. Antes de cualquier visita al Parque de Manu, se debe tener la autorización de las autoridades administrativas del Parque Nacional que está en la ciudad de Cusco (Los oficiales del Parque no reciben a ningún visitante con recomendaciones. Toda esa información debe obtenerse de su agente de viaje). La entrada a las profundidades de la Zona Reservada sólo se permite a los investigadores autorizados, visitantes oficiales y grupos de turistas científicos que solicitan los permisos por con seis menos de anterioridad.

Hay una casa turística en el Cocha de la zona de Juarez; en algunos otros sectores hay alojamientos para los turistas, visitantes que deben tomar todos los elementos necesarios para su subsistencia así como para su transporte y comunicación. El equipo personal básico es similar al sugerido para hacer el camino de Inca hacia Machupicchu; no obstante, la información apropiada sobre los equipos a llevar serán dados por su agente. Como en la región entera, el mejor momento para visitar el Parque está entre la estación seca de los meses de mayo y septiembre, hay una grandes cantidades de lluvias ente los meses de octubre a abril.
El Parque Nacional del Manu y la Reservan está hacia el este del Rango Oriental de los Andes, e incluye totalmente el Río de Manu y parcialmente el río de Madre de Dios. Los paisajes son diversos y se encuentran llanuras amazónicas a 365 mts. (1,200 pies) de altitud en Boca Manu, tan alto a 4,020 mts. (13,200 pies) en la Montaña de Waskar, con empape y las montañas ásperas.
La diferencia de la altitud determina la variedad de climas de la Selva amazónica caliente y húmeda y las Regiones montañosas andinas secas. Los promedios de temperatura varían según la altitud, así, la área más baja tiene aproximadamente 24° C. está (75° F.) y en el área alta aproximadamente 4° C. (39° F.). Igualmente, la lluvia anual en el bosque de lluvia esta encima de los 4,000 mm. (156 pulgadas) mientras que en las Regiones montañosas deja caer a 1,000 mm. (39 pulgadas). El sistema hidrográfico está formado por los ríos que fluyen de los andes; estos son caudalosos por sus fuentes y caen de las Llanuras amazónicas; su volumen varía considerablemente entre las estaciones secas y húmedas.
El Río del Manu tiene un color rojizo y forma varias "cochas" o lagos que son el ambiente para la fauna salvaje. El interés científico que despierta el Parque de Manu esta basado en su gran diversidad de flora y fauna es uno de los más grande del mundo y qué se mantiene casi inalterado en millones de años de evolución natural.
El lugar de mayor investigación del Parque es la Cocha Cashu Estación Biológica que tiene los datos más importantes sobre el ecosistema tropical Sur-americano esta estación se construyó en 1969 por profesores y estudiantes del La Universidad Nacional Agraria de la después de un acuerdo con la Sociedad Zoológica. Se hicieron muchos estudios en esta estación anualmente vienen entre 20 a 30 científicos del mundo y los trabajos que se realizan son muy humildes frente a las grandes posibilidades que ofrece este Parque. Las variaciones de altitud encontradas en el Parque hacen posible la existencia de una impresionante diversidad de especies y formas de plantas; se estima que por lo menos aproximadamente 10% de especies de planta se han encontrado en el Parque de Manu y aún son desconocidos por la ciencia.

Es posible encontrar básicamente tres niveles ecológicos: Bosque - Lluvia - tierra baja, Montaña -Lluvia -Bosque y Los Andes Altos. En el Bosque de Lluvia de Tierra baja hay siempre vegetación exuberante, y árboles gigantescos que alcanzan una altura de 60 mts. y 3 mts. de diámetro de las copas del árbol se cuelgan los bejucos y enredaderas que no dejan caer la luz del sol y que el suelo se ve relativamente oscuro a mediodía. Entre las especies del árboles diferentes están: el cedro, caoba, lupuna, tornillo, renaco, cetico, etc. En la montaña Lluvia Bosque hay árboles más pequeños con los troncos torcidos pero con vegetación espesa y una gran diversidad de especies extraordinarias; las nieblas y lluvias habilitan la abundante existencia de liquenes, musgos y helechos, y una gran selección de bonitas orquídeas.
La Zona Alta andina también ha esparcido los bosques con algunas especies como el clásico "q'euña"; Entre las especies principales de flora del Parque estan:

DICOTYLEDONEAS:
Cetico (Cecropia.), Renaco (paraensis de Ficus), Ojé (insipida de Ficus); Q'euña (incana de Polylepis); Shihuahuaco (alata de Dipterix); Ipururo (sp de Alchornes.); Cedro (odorata de Cedrela), Requia (macrophylla de Guarea), Caoba (macrophylla de Swietenia), Uchumullaca (septentrionalis de Trichilia); Lupuna (pentandra de Ceiba), Sapote (cordata de Quararibea); Yumanaza (calabura de Muntingia), Cacao (cacao de Theobroma); Capirona (spruceanum de Callycophyllum); Pajaro bobo (el integrifolia de Tessaria); el Lagarto caspi (brasiliense de Calophyllum); etc.

MONOCOTYLEDONEAS:
Graminoids como la caña enana (sp de Chusquea.), Cañabrava (sagittatum de Gynerium), Ichu (ichu de Stipa); palmae como Huicungo (murumuru de Astrocaryum), Pijuayo (gassipaes de Bactris), Pona (ventricosa de Iriartea), Ungurave (bataua de Jessenia), Aguaje (vinifera de Mauritia), Shapaja (weberbaueri de Scheelea); musaceae como Platanillo (spp de Heliconia.); etc.
En los tres niveles ecológicos del Parque, es posible encontrar gran diversidad de fauna que constituye una especie muy valiosa de la reserva de los cuales muchos todavía permanecen relativamente desconocidos. La mayoría de la investigación se concentra todavía en la Estación Biológica Cocha Cashu que tiene más de 550 especies registradas. Se estima que el total de especies del Parque es más de 1000; las especies conocidas en el mundo no es más de 9000, y el en Perú hay 1800 de éstos y constituye un registro del mundo real. Así, el Parque de Manu alberga uno de cada nueve especies del pájaro. Hay más de 200 especies diferentes de mamíferos registrados, también hay aproximadamente 100 tipos de palos. Aquí fue fácil encontrar animales como el Caimán Negro y la Nutria Gigante motivo por el cual se puso en peligro de extinción, la pesca es abundante en los ríos del Parque, así como los insectos y otros invertebrado se estima que puede haberse extinguido millones de especies. Las investigaciones sobre la fauna de la región todavía son muy escasas e insuficientes. Las especies de fauna del parque son:

LOS MAMÍFEROS:
Algunos primados como el musmuqui o mono de la noche (nigriceps de Aotus), titi del duski (moloch de Callicebus), mono rojo aullador (seniculus de Alouatta), capuchin blanco-afrontado (albifrons de Cebus), mono ardilla (sciureus de Saimiri), mono lanoso (lagotricha de Lagothrix); tití pigmeo (pygmaea de Cebuela), tamarin del saddleback (fuscicollis de Saguinus), tamarin del emperador (imperator de Saguinus), mono de la araña negro (paniscus de Ateles).
Los Osos hormigueros como el oso hormiguero de seda (dydactilus de Cyclopes), tamandua del sur (tetradactyla de Tamandua), oso gigante hormiguero (tridactyla de Myrmecophaga). las Perezas como el castaño-throated tres-toed la pereza (variegatus de Bradypus), Hoffman dos-toed la pereza (hoffmanni de Choloepus).
Los Armadillos como el armadillo largo- (novemcinctus de Dasypus) y el armadillo gigante (maximus de Priodontes).
Los Oposums como el gris común el oposum (Galantee el oposum), oposum del ratón lanoso (cinereus de Micoureus), el oposum del ratón delgado blanco-hinchado (noctivagus de Marmosops).

LOS PÁJAROS:
El tinamou ondulado (undulatus de Crypturellus), tinamou adornado (ornata de Nothoprocta), gran tinamou (Tinamus mayor); anhinga (anhinga de Anhinga); gran egret (alba de Casmerodius), garza del capped (pileatus de Phiherodias), tigre-garza del fasciated (lineatum de Tigrisoma); cigüeña de madera (americana de Mycteria), jabiru (mycteria de Jabiru); spoonbill del roseate (ajaia de Ajaia); chillón astado (cornuta de Anhima); ganso del orinoco (jubata de Neochen), muscovy (moschata de Cairina); buitre rey (papá de Sarcoramphus), buitre negro (atratus de Coragyps); halcón de la orilla del camino (magnirostris de Buteo), águila de la arpía (harpyja de Harpia), halcón-águila adornado (ornatus de Spizaetus), águila coronada (guianensis de Morphnus); caracara negro (ater de Daptrius) mueva el halcón (rufigularis de Falco); guan de spix (jacquacu de Penelope), curassow navaja de afeitar-cargado en cuenta (mitu de Crax); hoatzin (hoatzin de Opisthocomus); trompetista pálido-alado (leucoptera de Psophia); entretejió el jacana (jacana de Jacana); grande-facturó (simplex de Phaetusa), tern amarillo-cargado en cuenta (superciliaris de Sterna); espumadera negra (nigra de Rynchops); guacamayo azul y amarillo (ararauna de Ara), guacamayo de color escarlata (macao de Ara), guacamayo castaño-afrontado (severa de Ara), perico del tui (sanctithomae de Brotogeris), loro azul-encabezado (menstruus de Pionus), loro amarillo-encabezado (achrocephala de Amazona); coronó el búho (cristata de Lophostrix); pescador martín de las Amazonas (amazona de Chloroceryle); pito del lineated (lineatus de Dryocopus); tucán de Cuvier (cuvieri de Ramphastos); rojo-capped cardinal (gularis de Paroaria); amarillo-rumped cacique (cela de Cacicus); gallito de las rocas (Rupicola Peruviana), etc.

LOS REPTILES:
La tortuga del sideneck amarillo-manchada (unifilis de Podocnemis), caimán blanco (crocodylus de Caimán), caiman negro (niger de Melanosuchus), anaconda (boa), fer-de-lanza (atrox de Bothrops), bushmaster (muta de Lachesis), etc.

PESCA:
El rayo de la picadura (hystrix de Potamotrygon); anguila eléctrica (electricus de Electrophorus), barbo del mamón amazónico (multiradiatus de Pterygoplichthys), barbo menor plateado (spp de Sorubin.), barbo amazónico (spp de Pseudoprimelodus.), el grazer del lakeside (magdalenae de Prochilodus), piraña (el spp de Serrasalmus.); etc.
En el Manu y Madre de Dios los nativos realizan pagos que se establecen posiblemente desde hace milenios, sus habitantes disfrutan del tráfico libre así como libertad para practicar actividades como caza, pesca, cosechar y cultivar. Estos son parte del equilibrio natural del Parque se permite estas actividades siempre y cuando no representen peligro. Entre esos grupos están los Machiguengas, el Yora o Yaminahuas, el Mashco-Piros y los Amahuacas. Hoy las autoridades del Parque consiguieron contactos sólo con los Machiguengas y Yoras. Los habitantes de aquí tienen un estilo de vida muy peculiar con costumbres y creencias hereditarias, viven en casas de madera con los tejados de la palmas y hoja, hacen tejidos de algodón, y alfarería, cultivan especies como el uncucha, maíz, papaya, piña, el plátano, etc. Estos cazan con flechas, lanzas, cerbatanas y hachas de piedra. Hoy, algunas de esas personas viven un proceso lento de occidentalización debido a su acercamiento a la sociedad moderna e influencia de la educación y las comunicaciones.
Por otro lado la gente creó a través de los últimos siglos el "Paititi" famoso mito; es decir, la "Ciudad Inca perdida" ubicado en el bosque amazónico que según muchos autores se localizó en el área del Parque lugar dónde los últimos emperadores Quechuas habían enviado sus tesoros para protegerlos de la destrucción española sin embargo no hay ninguna evidencia de esto. Pero, en la parte oriental de los andes que enfrenta el Parque hay restos culturales de civilizaciones del pasado que no se estudiaron como los "petroglyphs de Pusharo" en la zona de Palotoa baja. Según sus políticas de expansión de territorio, el Río de Madre de Dios se descubrió en tiempos de incaicos y se nombró como "Amarumayo" (Río del Dragon-Serpiente).
En los tiempos coloniales, muchas expediciones entraron en la región movida por la fiebre del oro; y durante los primeros años del presente siglo algunas misiones religiosas se establecieron y todo el área fue ampliamente explorada y se aprovechó para el extracto de látex de caucho que se encuentra en grandes cantidades en el bajo Manu. Así, el movimiento de obreros de la región determinó la fundación de Puerto Maldonado en 1902 y después la creación de Madre de Dios en 1912 como una sección del país. Durante las décadas siguientes y la avería de la industria de caucho en Perú y Brasil ciento de cazadores de la zona se dedicaron a la busca de pieles de animales exigidas en el mercado internacional, con el énfasis de la persecución de jaguares, ocelotes, nutrias gigantes y caimanes negros. Desde los años sesenta se empezó con la explotación de madera como caoba y cedro; esa actividad extractiva prosperó construyéndose el campo de aviación en Boca Manu.